Si tu as proprement rippé et refait le lst et le rpk, il n'y a aucun inconvénient à transporter les fichiers, ça ne change strictement rien par rapport à la situation du rip exécuté sur la machine qui va encoder.
Dans ton cas, il est probable que la machine qui encode est mal configurée, ou des codecs inutiles perturbent ou je sais pas quoi, mais je commencerais pas désinstaller tout ce qui a trait à la vidéo et à réinstaller le strict nécessaire et je regarderais ai ça couille toujours.
Enfin, faut savoir que certains DVD sont à problèmes, ils présentent des décalages de son qui ne sont pas dus à l'encodeur mais au fichier info du DVD qui est mal foutu. Aucune solution autre que le recalage manuel dans ces cas-là.

"L'absence totale d'humour dans la bible est une des choses les plus étranges de la littérature." (A. N. Whitehead).